在创作如今已成经典的《尼尔：机械纪元》时，编剧兼导演横尾太郎其实并不知道该从何入手，于是他干脆决定：要做一款比过去作品“更令人困惑”的游戏，甚至“连自己都难以完全理解”。这也难怪游戏里会有26个结局以及复杂多变的剧情走向。
横尾太郎在接受Archipel的采访时谈到自己的创作思路。他表示，每一次新作都希望从不同的起点开始。“《龙背上的骑兵》讲述的是黑暗而暴力的故事，而《尼尔：伪装者》的主题则围绕悲伤展开。”
在《尼尔：机械纪元》中，他同样想尝试“不同的写作方向”，但当时并没有明确的目标。“我已经在《尼尔：伪装者》中构建过一条能激发情感的剧情，所以这次想创造点不一样的东西。”他的解决办法是：“让《尼尔：机械纪元》更令人困惑。”
横尾太郎透露，最初的剧情框架是从角色“西蒙娜”开始的。“她是一位会在舞台上歌唱的巨大女性机器人。在《尼尔：伪装者》中，你总是能理解战斗的理由，但这次我希望玩家无法产生共情。她为一个男人献身，并用尸体装饰自己。我加入了这种玩家无法代入的特质。《尼尔：机械纪元》的剧情推进中就包含了许多这种难以理解的情境。我希望写出连我自己都难以把握的故事。”
不过，有意写出“半晦涩”剧情并不是横尾太郎唯一的独特方法。他还笑称，自己的写作习惯是“先快速交出一部分进度给制作人看，然后再慢慢放缓”，或许是为了巧妙避免拖延症带来的压力。