《刺客信条3》是该系列最具争议的游戏之一，除了把现代线主角戴斯蒙写死退场以外，开局流程也饱受批评。在游戏的前几章，玩家扮演的并不是男主康纳，而是他的生父海尔森。而在临近结局时，康纳亲手杀死了爸爸海尔森。

《刺客信条3》创意总监Alex Hutchinson向外媒FRVR透露，以海尔森的视角开局的设计从未改变过。开发团队希望通过Animus血统线实现叙事创新，让玩家亲身感受最终反派的心路历程。

Alex Hutchinson解释："在系列化的开发中，尤其伴随着大规模营销，很难给玩家们带来惊喜与新鲜感。所以我们构思了海尔森作为康纳生父、同时又是圣殿骑士兼最终反派的三重反转。"

这一设计源于对游戏叙事惯性的反思："传统设定总是让玩家击败反派，但你对这个敌人毫无共鸣。既没有亲身接触过，也没感受到他带来的影响。"团队希望玩家通过操控终极反派，亲眼见证他如何塑造主角即将诞生的世界。

然而这种设计带来了结构性问题：《刺客信条3》实质上包含三段序章与教学关卡——现代线的戴斯蒙篇、Animus线的海尔森篇与康纳篇。连续的教学流程导致游戏前期非常冗长，Alex Hutchinson承认这是开发后期才暴露的缺陷。

他坦言："确实太长了，但直到开发最后两个月才能察觉。由于需要等待各部分内容调试完成，教学关卡不断膨胀，最终成为拖慢节奏的主要原因。"

更棘手的是，现代线几乎设为可选内容。虽然某些节点必须完成，但由玩家自主决定触发时机，导致团队无法精准把控多线叙事节奏。Alex Hutchinson表示如果能重来，会改为强制推进现代剧情。